1989an Bilbo Hiriko Penitentzia-kofradien Anaidia sortu zenean, Bilboko kofradia eta penitentzia-anaidiek Bilboko Egiazko Gurutze Santuaren Kofradia dekanoarekin sinatutako Anaitasun Gutunak indarrik gabe geratu ziren.

Anaitasun Gutun horiei esker, 1944ko martxoaren 5ean Egiazko Gurutze Santuaren Kofradiaren eta Nekaldiaren Kofradiaren artean sinatu zen lehena, Bilboko gainerako kofradien presentzia bermatzen eta baimentzen zen kofradia dekanoak antolatutako prozesioetan.

Bilbo Hiriko Penitentzia-kofradien Anaidia nortasun juridiko propioarekin sortu zen, Bilboko penitentzia-kofradia eta anaidietatik aparte. Gaur egun, estatutuek zuzentzen dute anaidiaren bizitza eta bere kideen antolamendua errespetatzen dute.

Bilbo Hiriko Penitentzia-kofradien Anaidiak honako helburu hauek ditu: kofradien jarduera tradizionalak sustatzea eta babestea, Aste Santuko prozesio-kultuarekin lotutako jarduera kultural, artistiko, zientifiko eta teknikoak koordinatuz; Bilboko penitentzia-kofradien arteko harremanak sustatzea eta, beharrezkoa denean, eliza-agintariekiko eta agintari zibilekiko harremanak erraztea; kofradia bakoitzak aurkezten dituen ekimenak bideratzea eta babestea kofradien helburuak hobetzeko, ekintzak koordinatuz eta helburu guztiak betetzeko beharrezkoak diren funtsak lortu eta administratzea.

Bilboko penitentzia-kofradia eta anaidi bakoitzeko bi kidek osatutako Zuzendaritza Batzordeak zuzentzen du Bilbo Hiriko Penitentzia-kofradien Anaidia. Lehendakaria, lehendakariordea, idazkaria, idazkariordea, diruzaina eta idazkariordea ditu, eta gainerako kideek bokal gisa parte hartzen dute. Halaber, Bilboko Gotzainak izendatutako Kontsiliario bat ere badu.

Bilbo Hiriko Penitentzia-kofradien Anaidiak egoitza ezberdinak izan ditu. Gaur egun, inauguratu zenetik, Anaidiak Aste Santuko Pasoen Museoan du egoitza, eta museo horren kudeaketaz arduratzen da.