Con la fundación en el año 1989 de la Hermandad de Cofradías Penitenciales de la Villa de Bilbao, quedaron sin efecto las Cartas de Hermandad que habían sido firmadas entre cada una de las cofradías y hermandades penitenciales de Bilbao con la cofradía decana de la Santa Vera Cruz de Bilbao.

Con dichas Cartas de Hermandad, la primera firmada el 5 de marzo de 1944 entre la Cofradía de la Santa Vera Cruz y la Cofradía de la Pasión, se garantizaba y se permitía la presencia del resto de cofradías de Bilbao en las procesiones organizadas por la cofradía decana.

La Hermandad de Cofradías Penitenciales de la Villa de Bilbao se fundó con personalidad jurídica propia, independiente de la de las cofradías y hermandades penitenciales de Bilbao. Actualmente, se rige por sus estatutos y respeta la organización de sus miembros.

La Hermandad de Cofradías Penitenciales de la Villa de Bilbao tiene los siguientes fines: fomentar y apoyar las actividades tradicionales de las cofradías, coordinando las actividades de carácter cultural, artístico, científico y técnico relacionadas con el culto procesional de la Semana Santa; promover las relaciones entre las cofradías penitenciales de Bilbao y facilitar las relaciones con las autoridades eclesiásticas y civiles cuando sea necesario; encauzar y apoyar las iniciativas que le presenten cada una de las cofradías y que tiendan a la mejora de los fines propios de éstas, coordinando las actuaciones de cada una de ellas y, obtener y administrar los fondos que sean necesarios para el cumplimiento de todos sus objetivos.